Le 4 août 1914, l’Allemagne envahit la Belgique. Grâce à quatre trains blindés par des tôles de navires et armés de canons, les Belges détruisent dans la région d’Anvers des voies et des ponts pour ralentir l’ennemi. Refugiée derrière l’Yser, où elle résistera pendant quatre ans, l’armée belge construit un réseau de 130 km de voies ferrées pour ravitailler les soldats et transporter les munitions vers le front. Dans le reste du pays, occupé par l’ennemi, l’administration des chemins de fer refuse toute collaboration. L’envahisseur exploitera seul le réseau.

En 1915, les Allemands décident de créer une nouvelle ligne entre Aix-la-Chapelle et Tongres, pour se rapprocher du front des Flandres. En seulement deux ans, ils construisent une ligne de 45 km et de nombreux ouvrages d’art, dont celui de Moresnet. Mesurant plus d’1 km, ce viaduc restera le plus long de Belgique jusqu’en 1993. Au moment des travaux les plus intenses, 12.000 personnes – surtout des prisonniers russes – travailleront sur ce chantier titanesque. Beaucoup d’entre eux mourront d’épuisement, de faim et de maladie.

À la fin de la guerre, les dégâts sont énormes : un quart du réseau est anéanti ou inutilisable. Une gare sur trois est inaccessible. Il ne reste plus qu’un tiers des locomotives. S’y ajoute un autre chiffre, bien plus cruel : plus de 2000 cheminots ont perdu la vie. La paix revenue, l’Allemagne cédera à la Belgique, pour dette de guerre, 2 000 locomotives, soit près de 50% du parc belge, qui sera ainsi fortement germanisé. On les appellera les locomotives Armistice.

Il est à noter que l’Armistice a été signé en France à Compiègne, dans un wagon de la Compagnie Internationale des Wagons-lits, société créée par le belge Georges Nagelmackers.

L’armée belge capitule le 18 mai 1940. L’occupant s’empare alors des chemins de fer qui passent sous exploitation allemande. SNCB est contrainte de rappeler les cheminots au travail et de participer au trafic ferroviaire de l’ennemi. Commence alors une politique du moindre mal : céder sans trop concéder, pour préserver les intérêts socio-économiques du pays.

Les cheminots sont partagés entre la peur de la déportation, la nécessité de ravitailler la population et le désir de gêner l’occupant. Beaucoup s’engagent dans la résistance et 900 perdent la vie.

À partir de 1941, le régime nazi ne fournit plus de conducteurs de trains. Les machinistes belges vont devoir assurer seuls la conduite des convois, y compris les trains militaires allemands. Devenue un chainon de la logistique infernale nazie, SNCB participe alors à la déportation des Juifs et des Roms de Belgique ainsi que ceux du Nord de la France.

Dès 1943, le réseau devient la cible des bombardements alliés. C’est ainsi que la gare de Schaerbeek est bombardée 19 fois en 9 mois.
À la fin de la guerre, le constat est désolant : moins de 50% du réseau reste opérationnel, la moitié des locomotives et des gares est détruite.